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海南医学院热带转化医学教育部重点实验室圆满完成海南省2021年第二例本土新冠肺炎确诊病例测序工作

来源:管理员 浏览量: 更新时间:2021-08-10 08:51

 8月5日,按照海南省新冠疫情防控工作指挥部统一部署和要求,尽快开展海口市8月份新增的第二例本地新冠肺炎病例(轻型)病毒的测序及溯源工作。学校党委高度重视,党委书记、海南医学院热带转化医学教育部重点实验室主任杨俊、校长赵建农第一时间指示新冠病毒测序小组火速集结,快速高质完成本次测序与溯源任务。

 8月5日上午11点30分,新冠核酸病毒样本C2T和Lin-1由我校第一附属医院转运中心专人专车(弥龙、任广旭)分别从海南省疾控中心和海口市疾控中心运送至海南医学院校门口,与等候在此的吕志跃副校进行签字交接,然后由专人送至我校P2实验室。测序成员张云霞、易国辉、方星悦立即启动样本测序工作,16点30分完成富集,19点完成建库、质检、上机工作。

 8月6日上午12点30分,获得全部测序数据并即刻送达数据分析室。生物信息学分析小组人、机24小时待命,热带转化医学教育部重点实验室成员李永生、尹飞飞、潘涛首先拼接基因组,用海量的信息还原本株新冠病毒的真面目。获得新冠毒株基因组序列后,与国际标准株和我国发布的最新Delta株基因组信息进行比对,查找特异性突变位点并利用遗传进化树进行溯源。数据分析小组谨慎对待每一个检测出来的突变位点,从原始数据到国内外相关文献报道,多方法论证测序毒株的株系和特点,数据分析结果由专家小组进行两轮审核,并于下午15点得出详细的数据分析结果和初步结论。最后由测序小组执行组长吕志跃副校长进行仔细解读及认真审核,确认海南今年第二例输入性本土新冠阳性患者感染新冠病毒同为印度Delta株,并基于国家疾病预防控制中心、海口市疾病预防控制中心、公共卫生学院张帆副院长(美兰机场疫情防控工作专家组成员)提供的江苏南京疫情代表株序列比对及流行病学调查结果,推断该Delta株与俄罗斯输入病例有关联。8月6日16点,学校向省疫情防控指挥部和省卫健委分别报送了正式检测报告及支撑材料。

 本次测序是海南医学院新冠病毒测序小组继8月2日圆满完成海南省2021年首例外省输入本土新冠肺炎确诊病例测序任务后,再次高质量完成了省疫情指挥部交办的测序任务。在保证准确性和科学性的前提下,测序小组成员们争分夺秒,各环节有条不紊,一气呵成,其结果为海南近期连续出现2例输入性本地病例的情况下,新冠疫情传播流行风险评估及制定精准有效防控策略提供关键科学证据,充分展现了海南医学院在疫情再现时,勇担当、敢奉献的精神!

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新冠核酸病毒样本转运至我校P2实验室

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新冠病毒测序专家组成员有序推进确诊病例基因测序工作 (一)

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新冠病毒测序专家组成员有序推进确诊病例基因测序工作 (二)

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新冠病毒测序专家上机测序分析